В минералогии, процессы образования минералов при прямом участии организмов, в результате их жизнедеятельности (например, образование кальцитового или опалового скелета или раковины), или при изменении органических остатков (например, уголь). Вернадский предполагал биогенное происхождение для многих экзогенных минералов - лимонита, окислов марганца, боксита и др., что вызывает теперь возражения. Гораздо шире косвенное влияние организмов на самые различные процессы минералообразования, особенно восстановительное действие органических веществ, а также влияние органических кислот.
В геоморфологии, деятельность организмов, имеющая морфогеническое значение. С одной стороны, происходит разрыхление породы и изменение ее химического состава в поверхностном слое (образование почвы), с другой стороны, создается микрорельеф (бугристые тундры, торфяники и т. д.).
Биогенные процессы
Биогенные процессы процессы, порождаемые живым веществом, связанные с ним (напр., биогенный круговорот).